Këto dy institucione me një shkresë të përbashkët kanë ankimuar në Gjykatën Kushtetuese vendimin e qeverisë dhe Parlamentit të korrikut të këtij viti “për pagat, shpërblimet e strukturën e institucioneve kushtetuese”. Vetëm dy janë institucionet që kanë zyrtarizuar ankesën e tyre në Gjykatën Kushtetuese, por nga ligji në fjalë, preken edhe Presidenca, Komisioni Qendror i Zgjedhjeve, Këshilli i Lartë i Drejtësisë, Prokuroria e Përgjithshme dhe Gjykata e Lartë. Në ankesën e firmosur nga krerët e KLSH-së dhe Avokatit të Popullit, përkatësisht Robert Çeku dhe Ermir Dobjani, i kërkohet Gjykatës Kushtetuese shpallja si në mospajtim me dispozitat kushtetuese e ligjit të datës 17 korrik 2006, për pagat, shpërblimet dhe numrin e punonjësve të institucioneve të pavarura të krijuara me Kushtetutë ose me ligj. Shkresa e firmosur nga Dobjani e Çeku, mban datën 3 tetor të këtij viti dhe i adresohet Gjykatës Kushtetuese në Tiranë.

Ankesa
KLSH dhe Avokati i Popullit shkruajnë në ankesën për Gjykatën Kushtetuese se numri i punonjësve, pagat dhe shpërblimet janë elementë të rëndësishëm të pavarësisë së institucioneve. Ndryshimi i tyre, apo kalimi i kompetencave për ndryshimin e tyre në Këshillin e Ministrave, cilësohet nga Dobjani e Çeku, si një cenim i pavarësisë së institucioneve kushtetuese. Në krye të dokumentit të ankesës, thuhet se institucione të interesuara për këtë fakt, janë: Kuvendi i Shqipërisë, Gjykata e Lartë, Prokuroria e Përgjithshme, Këshilli i Lartë i Drejtësisë dhe Komisioni Qendror i Zgjedhjeve. Duke hyrë në detajet e ligjit të miratuar nga qeveria në Parlament dhe të miratuar edhe nga ky i fundit, KLSH dhe Avokati i Popullit kërkojnë shfuqizimin e një numri të konsiderueshëm nenesh që përcaktojnë numrin e punonjësve, pagat dhe shpërblimet për institucionet e pavarura kushtetuese. Baza ligjore ku KLSH dhe Dobjani e mbështesin ankesën e tyre janë ligjet përkatëse të Avokatit të Popullit dhe Kontrollit të Lartë të Shtetit, që i përcaktojnë këto organe si të pavarura nga ekzekutivi. Në ankesë thuhet se dy institucionet janë njohur me projektligjin e qeverisë, që kur ai u hodh në Parlament. Që në atë moment KLSH dhe Avokati i Popullit e kundërshtuan projektligjin “Për pagat, shpërblimet dhe strukturat e institucioneve të pavarura kushtetuese dhe institucioneve të tjera të krijuara me ligj”. Menjëherë pas paraqitjes në Kuvend të projektit, KLSH dhe Avokati i Popullit bënë sugjerimet e tyre, në mënyrë që ligji të ishte në përputhje me Kushtetutën. “Megjithatë nga Kuvendi nuk u morën parasysh këto vërejtje. Si rrjedhim, Kuvendi miratoi me shumicë të thjeshtë ligjin nr.9584 datë 17.07.2006 “Për pagat, shpërblimet dhe strukturat e institucioneve të pavarura kushtetuese dhe institucioneve të tjera të pavarura të krijuara me ligj”, thuhet në ankesën e bërë në Gjykatën Kushtetuese.

Cenimi
Sipas gjykimit të Kontrollit të Lartë të Shtetit dhe Avokatit të Popullit, pagat, shpërblimet dhe numri i punonjësve të këtyre institucioneve janë përcaktuar në ligjet e tyre. Si rrjedhim nxjerrja e një projektligji të kthyer në ligj nga qeveria e Parlamenti, cenon vetë bazën e funksionimit të institucioneve të pavarura. Ermir Dobjani dhe Robert Çeku në ankesën e firmosur prej tyre shprehen se bazuar në tekstet e të gjitha shkencave juridike “pavarësia e një institucioni përfshin tri aspekte: pavarësinë organizative, pavarësinë funksionale dhe atë financiare. Pavarësia funksionale dhe organizative shikohet e cenuar nga ligji i korrikut 2006, pasi ai kufizon numrin e punonjësve, ndërsa pavarësia financiare po ashtu, pasi ndryshojnë rrogat e punonjësve të institucioneve të pavarura.